Cuando un gran coleccionista de antigüedades se ve obligado a donar su colección a la Universidad Hebrea de Jerusalén, Nili Broshi, la sagaz y dinámica protagonista de Túneles, ve ante ella la última oportunidad de reivindicar el legado de su padre arqueólogo y concluir una excavación comenzada décadas atrás. Sin embargo, las cosas no son tan fáciles: aquello que busca, un resto del Israel bíblico objeto de mitos científicos y religiosos, se encuentra en el subsuelo de la zona reclamada por Palestina, más allá del muro de separación.

La protagonista embarca entonces en una excavación ilegal con un equipo tan dispar como disparatado: un nacionalista religioso y su banda de jóvenes extremistas, su hermano traidor, su hijo adicto al móvil, y su amigo palestino de juventud, ahora contrabandista de piezas arqueológicas.

Mientras el padre de Nili se hunde más y más en la demencia senil, las distintas facciones luchan por ser la primera en descubrir y hacerse con el Arca de la Alianza. Así, los personajes se enredan en engaños y absurdos espionajes de unos a otros, movidos por la codicia y el interés por encontrar el Arca, pero también por prejuicios construidos en una sociedad donde la guerra y la enemistad se han normalizado.